Yayasan Sanggar Inovasi Desa resmi berbadan hukum pada 4 Juli 2020. Sebelumnya, inisiasi Sanggar Inovasi Desa dimulai pada Desember 2019 dan diluncurkan oleh Menteri Desa PDTT RI pada 5 Januari 2020 di Yogyakarta, bersamaan dengan program pelatihan angkatan pertama SID yang diikuti oleh 22 pemuda desa dari 10 provinsi di Indonesia.

Lembaga ini merupakan inisiatif komunitas pegiat pembangunan desa di bawah binaan Pemerintah Desa Panggungharjo, Sewon, Bantul, DI Yogyakarta, guna menjawab permintaan berbagai pihak (lokal, nasional, hingga internasional) yang selama ini telah melakukan aneka kunjungan dan studi banding di Desa Panggungharjo.